14 lutego 1984 r., przy ul. Skarbowców 8, została utworzona filii Szkoły Podstawowej nr 64, znajdującej się przy ul. Wojszyckiej 1. Trzy lata później została ona przekształcona w samodzielną trzyklasową placówkę, nadano jej nr 61. 1 września 1990 r. zyskała dodatkowe oddziały – klasy czwarte. Od 1994 roku placówka stała się pełnoprawną ośmioletnią podstawówką.

27 kwietnia 1995 r. miało miejsce uroczyste nadanie Szkole imienia, wspaniałego pedagoga i przyjaciela dzieci – Janusza Korczaka. Miesiąc później Szkoła otrzymała swój Sztandar, a 1 października 1995 r. nastąpiło odsłonięcie portretu patrona Szkoły. Na skutek reformy oświaty, 1 września 1999 r. Szkoła Podstawowa nr 61 im. Janusza Korczaka została przekształcona w szkołę sześcioklasową. 7 grudnia 2001 r. szkoła wzbogaciła się o wspaniałą tablicę Patrona Szkoły (obecnie znajduje się ona na Ścianie Pamięci na parterze budynku). Szkoła Podstawowa nr 61 szczególnie dba o tradycje historyczne, dlatego w październiku 2002 r. została powołana Szkolna Kapituła Pamięci Sybiraków. Niesamowitym zaszczytem było więc nadanie Szkole Honorowej Odznaki Sybiraka, co miało miejsce 19 października 2004 r.

W szkole, w celu uhonorowania najwybitniejszych uczniów, pracowników, oraz rodziców szczególnie zaangażowanych w życie szkoły, 28 kwietnia 2004 r., powstała w tym celu kapituła wręczyła pierwsze “Kryształki Korczakowskie”. W dniach 29 – 30 kwietnia 2009 r. Szkoła obchodziła jubileusz 25-lecia. Tego samego roku, 14 października, Szkoła gościła izraelskich nauczycieli ze Szkół Korczakowskich, co stało się okazją do zasadzenia, przy budynku szkoły, Drzewa Przyjaźni-Dębu Szypułkowego.

W październiku 2014 r. oddano do użytku nowoczesny plac zabaw – wybudowany  w ramach programu „Radosna Szkoła” (plac zabaw przeszedł renowację nawierzchni w roku 2021). Na skutek kolejnej reformy systemu oświaty, 1 września 2017 r., Szkoła ponownie stała się ośmioletnią placówką. W latach 2018-2019 szkoła gościła nauczycieli z Litwy, Finlandii, Grecji i Hiszpania w ramach programów międzynarodowych.

2 marca 2020 r. Szkoła powiększyła się o nowy teren oraz budynek przekazany przez Starostwo Powiatowe M. Wrocław. 1 września 2021 r. w „nowym” budynku zostały urządzone pomieszczenia dla celów świetlicy, biblioteki szkolnej, specjalistów ds. pomocy psychologiczno-pedagogicznej, a w kwietniu 2022 r. również dla klas przygotowawczych dla uczniów, którzy ze względu na wybuch wojny w Ukrainie przybyli do Wrocławia.